1976/77 Öğretim yılında şimdiki Samsun İmam-Hatip Lisesi B Bloğu olarak kullanılan binada 149 öğrenci ile eğitime başlayan Yüksek İslâm Enstitüsü, 1982 yılına kadar bu binada hizmet verdi. 1982’de Enstitü, İlâhiyat Fakültesine dönüştürüldü ve Ondokuz Mayıs Üniversitesi bünyesine dahil edildi.

  
      Fakülte, enstitü binasında bir süre daha eğitim-öğretime devam ettikten sonra 1983’te Atakum Kampüsü Eğitim Fakültesi binasına taşındı. 1989 yılılnda Kurupelit Kampüsündeki bir binaya geçici olarak taşındı. 1996/97 öğretim yılında kendi binasına kavuşan İlahiyat Fakültesinde, şu an bünyesinde bulunan 370 kişilik konferans salonu, 2 anfi, 15 dershane, öğrenci ve akademik personele ait yemekhane, kantin-kafeterya, Müzik Salonu, dijital ortamda hizmete açık Kütüphane, Bilgisayarlı Kur’an Laboratuarı, Bilgisayar Laboratuarı, Okuma Salonu, Sunu Laboratuarı, öğretim elemanları ve öğrencilere hizmet veren Bay Kuaför Salonu ve Bayan Kuaför Salonu ile hizmet verilmektedir. Uluslararası düzeyde Hekemli Dergi 6. yılında olup yayınını sürdürmektedir. Öğretim Elemanları yurt içi ve yurdışında uluslararası düzeyde bilimsel etkinliklere devam etmektedir.